1999年1月5日，中共中央、国务院发布了《关于地方政府机构改革的意见》。省级政府机构改革，基本建立了与国务院机构框架大体协调的省级政府组织结构。组成部门一般设置25个左右，直属机构15个左右。在机构综合设置方面进行了尝试，加强执法监管部门，组建适应新兴产业发展的机构等。

　　从1999年下半年开始，各地党委、政府在组织实施省级党政机构改革工作的同时，组织力量着手对市县乡党政机关的职能配置、机构设置和人员编制等进行调研，全国市县乡机构改革开始启动。经过近三年的工作，到2002年10月底，市县乡机构改革全部结束。

　　地方各级政府机构改革完成后，省级政府机构设置平均由55个减到40个，人员编制精简47％。市（地）级政府机构平均由45个减少到35个，县级政府机构平均由28个减少到18个，人员编制精简19％。全国精减行政编制共计115万人。这次改革，进一步改变了长期以来在计划经济体制下形成的政府机构框架。尽管难度很大，但由于措施得当，工作细致，改革进展顺利。